Vrsto let so se množice romarjev zbirale pri samostanu v italijanskem kraju San Giovanni Rotondo z željo videti duhovnika s stigmami. Ta vidna znamenja Kristusovega trpljenja je p. Pij prejel na svojih rokah, stopalih in na strani leta 1918, potem ko je izročil samega sebe kot žrtev za končanje 1. svetovne vojne. V začetku je rotil Jezusa: »Umakni ta zunanja znamenja, ki me spravljajo v takšno zadrego in neznosno ponižanje.«

Poleg teh, izrednih fizičnih bolečin, so p. Pija pestile številne »običajne« tegobe. Že v mladih letih je dobil vnetje tankega črevesa in tifus. Zdravniki so mu diagnosticirali več kroničnih bolezni: astmatični bronhitis, ledvične kamne, gastritis in dolgotrajno nosno in ušesno vnetje.

Podvržen je bil kirurškim posegom in zdravljenju s sevanjem. Leta 1956 ga je za štiri mesece na posteljo priklenilo vnetje prsne mrene z izlivom v plevralno votlino.

Osrednje mesto v življenju p. Pija pa je zavzemala molitev. »Sem zgolj ubog Frančiškov brat, ki moli,« je rad ponavljal. Ustanovil je »Domove za lajšanje trpljenja« in molitvene skupine, ki so podpirale njihovo delo. P. Pij je v spovednici potolažil nešteto posameznikov, med njimi tudi mladega Karla Wojtyła. V pridigi ob razglasitvi za svetnika je, že kot papež Janez Pavel II., dejal: »Kako primerna je duhovnost križa, ki jo je živel ponižni kapucin iz Pietrelcine. Naš čas potrebuje novo odkritje vrednosti križa, da bi lahko svoja srca odprli upanju.«

Dobri Oče, na priprošnjo sv. Pija iz Pietrelcine vzbudi v meni željo po molitvi in popolnem sprejemanju svojega križa.