Svetnik, znan po vodenju Družbe Jezusove sredi razburkanega časa, se je kot redovni predstojnik soočil z begunstvom, saj je kralj jezuitom zaplenil vse premoženje in jih izgnal iz kraljestva. Papež je podlegel pritisku veljakov in Družbo razpustil. Več kot dve desetletji je Jožef pogumno in z neomajno vero vzdrževal stike z razpršenimi brati, dokler se zgodba ni začela reševati ob ruski carici Katarini II., ki na svojem ozemlju ni upoštevala veljave papeževega pisma. Kljub temu so sledila še mnoga leta preganjanj, tako da Pignatelli ni dočakal vnovične vzpostavitve Družbe Jezusove.

Njegovo življenje je bilo vse prej kot ravna pot. A po njej je stopal v zavesti: »Moj Bog, ne vem, kaj se mi bo danes zgodilo. Vendar pa z gotovostjo vem, da se ne more zgoditi nič, česar ne bi ti predvidel in poveljeval v večnosti. To je zame dovolj.« Naj bo dovolj.