Umrl je v prometni nesreči v bližini misijonske postojanke Gulu v Ugandi, kjer je nazadnje deloval. Več kot 35 let je deloval v štirih deželah Afrike ob ekvatorju in doživljal težke trenutke gverilske in prave vojne v Ruandi ter izbruh vulkana v Gomi tik za ruandsko mejo. Posredoval je pri reševanju ljudi, posebej otrok (1.600 v Ruandi in 300 na begu pred lavo vulkana v Kongu). Nazadnje sta Danilo Lisjak in sobrat Gianni Uboldi v novem misijonu v kraju Atede v nadškofiji Gulu v Ugandi zastavila in uresničila klasično obliko katoliškega misijona.