Giovanni se je leta 1820 pridružil kongregaciji misijonarjev predragocene Krvi. Zavzemal se je predvsem za izgradnjo in širjenje tega reda. Imel je tesne zveze s Casparjem del Bufalom, ustanoviteljem kongregacije, ki je umrl leta 1837. Skupaj z Mario de Matthias je ustanovil še žensko kongregacijo.

Giovanni Merlini je umrl 12. januarja 1873 v Rimu, kjer je tudi pokopan. Postopek za razglasitev za blaženega so začeli leta 1927.