Polemika, povezana z izidom Slovenskega zgodovinskega atlasa – izšel je pri založbi Nova revija – je bolj ali manj znana. V svoj prodajni program je atlas sprva uvrstila tudi Založba Družina, a se je po izidu odločila za njegov umik. To potezo je direktor Založbe Družina Tone Rode pojasnil z naslednjo utemeljitvijo: »Pred kratkim smo v svoj prodajni program uvrstili Slovenski zgodovinski atlas založbe Nova revija. To smo storili v zaupanju do izdajatelja in do izbranih sodelavcev in podpornikov projekta. Kljub dejstvu, da gre za temeljno in trajno delo, ki v mnogočem pomeni pomemben korak naprej za slovensko zgodovinopisje, pa smo dolžni javno izraziti svoje nestrinjanje z ideološko zavajajočim pogledom na polpreteklo zgodovino, predvsem kar zadeva vzroke, potek in posledice druge svetovne vojne in revolucije na Slovenskem. Ob tem sporočamo, da omenjeno delo umikamo iz svojega prodajnega programa.«

Na tiste del atlasa, v katerem je predstavljeno dogajanje v času med drugo svetovno vojno in po njej, so se na straneh Družine odzvali različni pisci, med njimi publicist Matija Ogrin (http://www.druzina.si/ICD/spletnastran.nsf/all/E7CA6385BD96BF11C12578FD002A02BA?OpenDocument), zgodovinarka dr. Tamara Griesser Pečar v 17. številki in zgodovinar dr. Jože Dežman v 18. številki Družinine priloge Slovenski čas Zaradi teh odzivov so se v delu levo usmerjenega tiska pojavili očitki o »cenzorski« naravnanosti tovrstnih kritik, podobno pa se je na presoje spornega dela Slovenskega zgodovinskega atlasa v zadnji številki revije Pogledi odzval njegov avtor, zgodovinar dr. Aleš Gabrič (http://www.pogledi.si/pisma-bralcev/zakaj-ne-bom-pisal-odgovorov).

V razpravo pa se je te dni vključila tudi ustanova, ki se je zaradi svojega dela kompetentna izrekati stališča o predstavljanju slovenske polpretekle zgodovine: komisija vlade Republike Slovenije za izvajanje zakona o popravi krivic, torej tisto vladno telo, ki se srečuje s povojnimi zgodbami političnih zapornikov, prisilnih internirancev, svojcev pobitih oseb ...

In kakšen je komisijin pogled na Slovenski zgodovinski atlas? Izrazito kritičen, kot potrjuje izjava, ki jo je podpisala predsednica komisije mag. Majda Pučnik Rudl. Izjavo z naslovom »Slovenski zgodovinski atlas nič dlje od ideoloških vod« objavljamo v celoti.

»Slovenski zgodovinski atlas ne ponuja natančne analize in celovitega prikaza slovenske polpretekle zgodovine Slovenije. Mnogih medvojnih in povojnih zgodovinskih pojavov, ki so močno krojili usodo Slovencev in Slovenije sploh ne obravnava, kljub mnogim znanim zgodovinskim dejstvom, zato mu lahko upravičeno očitamo nedopustno ideološko potvorbo zgodovinopisja po stari praksi vsiljevanja ideoloških komunističnih resnic in ohranjanja tabujev, na drugi strani pa skrivanja resnic, ki niso 'prave'.

Kakor ugotavlja Tamara Grisser-Pečar, '… Zgodovine druge svetovne vojne na Slovenskem sploh ne moremo razumeti, če ne upoštevamo dveh ravni dogajanja, namreč okupacije in upora proti njej in revolucije ter protirevolucije, ki je povzročila državljansko vojno.' (Slovenski čas, september 2011, številka 17, str. 6).

Državljanska vojna je nastala zaradi medvojnega revolucionarnega nasilja, kar je razvidno tudi iz mnogih pričevanj upravičencev po Zakonu o popravi krivic. Kot ugotavljajo mnogi zgodovinarji (isto tam in drugi), Slovenski zgodovinski atlas nekaterih zgodovinskih pojavov, npr. totalitarizmov, ne obravnava sistematično, pregledno in uravnoteženo. Tako ne obravnava, med drugim: dejstev in posledic revolucije in Titoizma, da so bile vaške straže samoobrambne enote, nastale zaradi za življenje ogrozujoče izpostavljenosti prebivalstva revolucionarnemu nasilju, sploh ne omenja prevare v Vetrinju ter povojnega vračanja in izvensodnih povojnih pobojev domobrancev in civilnih oseb ter drugih izvensodnih pobojev, ne omenja prikritih grobišč (več kot 600 z verjetno okoli 100.000 žrtvami: Huda jama, mariborski in celjski protitankovski jarki, Kočevski rog, Areh, rudnik Pečovnik …), ne omenja uničevalnih titoističnih koncentracijskih taborišč in zaporov (Šentvid nad Ljubljano, Teharje, Bresternica, Kidričevo, Brestanica, Maribor …), delovnih in izgnanskih taborišč, suženjskega dela, zaplemb, obveznih oddaj in drugih krivičnih sodb ter drugih oblik stalinizma v Sloveniji …

Z obžalovanjem torej ugotavljamo, da je glede posameznih zgodovinskih dejstev in pojavov Slovenski zgodovinski atlas pomanjkljiv in nekorekten.
Potrebna bi bila resna in sistematična, pregledna in uravnotežena obravnava temeljnih zgodovinskih pojavov v Sloveniji med vojno in po vojni, ki bo pripomogla k razumevanju zgodovine na Slovenskem in ne bo izključujoča do posameznih zgodovinskih dejstev in pojavov.

Razumevanje zgodovine naroda omogoča razumevanje sedanjosti in jasen pogled v prihodnost.«